Cơ cấu tổ chức:
Bộ máy quản lý và điều hành của Quỹ bao gồm:
a) Hội đồng quản lý Quỹ: 03 thành viên
1. Bà Hồ Thị Nguyên Thảo - Phó Chủ tịch UBND tỉnh - Chủ tịch Hội đồng;
2. Ông Đặng Kim Ba - Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư- Ủy viên;
3. Ông Trần Văn Trí - Phó Giám đốc Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh Phú Yên - Ủy viên.
b) Ban kiểm soát Quỹ: 02 thành viên
1. Nguyễn Văn Thuận - Phó trưởng phòng TC, HCSN Sở Tài chính - Trưởng ban;
2. Võ Duy Luân - Kế toán trưởng Sở Tài nguyên và Môi trường - Thành viên.
c) Cơ quan điều hành nghiệp vụ Quỹ: 05 người, gồm 01 Giám đốc, 01 Phó Giám đốc, 01 Kế toán trưởng và 02 nhân viên bộ phận giúp việc
1. Nguyễn Thái Hòa - Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường - Giám đốc Quỹ; Điện thoại: 0916443345
2. Đào Thị Lý Len - Phó Chánh văn phòng Sở Tài nguyên và Môi trường - Phó Giám đốc; Điện thoại: 0918149637
3. Huỳnh Lê Huy - Nhân viên phụ trách Kế toán; Điện thoại: 0919614222
4. Nguyễn Vũ Linh - Nhân viên Bộ phận Hành chính - tổng hợp; Điện thoại: 0973461770;
5. Cao Thị Trúc Lâm - Nhân viên Bộ phận quản lý tiền ký quỹ: Điện thoại: 0383996576
Trong đó, 70% nhân sự của Quỹ làm việc theo chế độ kiêm nhiệm.